Những năm gần đây, Messi sa sút phong độ trong các trận cầu lớn và là tâm điểm chỉ trích khi đội bóng của anh liên tiếp gặp thất bại tại Champions League.
Barcelona 6-1 PSG (2016/17: Khoảnh khắc đẹp cuối cùng của Messi tại Champions League trong 5 năm qua. Anh cùng đồng đội hoàn thành cú lội ngược dòng không tưởng dù thua 0-4 trên sân khách. Messi đóng góp 1 bàn nhưng ngôi sao của trận đấu là người đàn em Neymar. Tiền đạo người Brazil ghi 2 bàn và có pha kiến tạo ở phút bù giờ giúp Roberto ghi bàn thắng quyết định.
Juventus 3-0 Barcelona (2016/17): Sau cú lội ngược dòng trước PSG, Barca phơi bày bộ mặt thật với đầy rẫy những bất ổn trong lối chơi và nhân sự. Họ thua bạc nhược trước sự tỏa sáng của Paulo Dybala. Ở lượt về, hai đội hòa nhau 0-0 và Barcelona bị loại một cách thuyết phục.
Roma 3-0 Barcelona (2017/18): Đè bẹp Roma ở lượt đi tại Nou Camp với tỷ số 4-1, Barca tưởng chừng như nắm chắc chiếc vé vào vòng bán kết Champions League. Tuy nhiên, trong một đêm mà những chiến binh thành Roma thi đấu quật khởi, họ đã làm nên kỳ tích khi thắng ngược Barca 3-0, qua đó giành chiến thắng chung cuộc nhờ luật bàn thắng trên sân khách (tổng tỷ số 4-4).
Liverpool 4-0 Barcelona (2018/19): Thêm một lần nữa, Messi và các đồng đội trở thành nạn nhân của những cú lội ngược dòng không tưởng. Đánh bại Liverpool 3 bàn không gỡ tại Nou Camp nhưng Barca không thể giữ được lợi thế của mình. Liverpool tạo nên cơn địa chấn lớn với chiến thắng 4-0 và đoạt vé vào trận chung kết để rồi nâng cao chức vô địch Champions League.
Barcelona 1-4 PSG (2020/21): Đối mặt với đội bóng hiện tại của mình trên sân nhà, Messi và các đồng đội thể hiện sự bất lực và một lần nữa bị đè bẹp với tỷ số 4-1. Mbappe khẳng định đẳng cấp với cú hat-trick nhấn chìm đội bóng xứ Catalan.
Bayern 8-2 Barcelona (2019/20): Vì đại dịch Covid-19, các trận đấu thuộc vòng tứ kết chỉ đá một lượt tại sân trung lập. Barcelona phải đối mặt với Bayern quá hùng mạnh và hứng chịu thất bại tồi tệ nhất lịch sử Champions League với tỷ số 2-8.
Real Madrid 3-1 PSG (2021/22): Dù có lợi thế dẫn 2 bàn (tổng tỷ số) nhưng PSG của Messi không thể bảo toàn được chiến thắng. Họ mắc những sai lầm sơ đẳng và để Benzema lập hat-trick chỉ trong vòng 17 phút, qua đó bị loại với tổng tỷ số 2-3. Đây cũng là trận thứ 9 liên tiếp của Messi không thể ghi bàn hay kiến tạo vào lưới Real.
